Gerade ist es mir passiert: eine VM wurde automatisch migriert, es ist ein Fehler aufgetreten und schon war das STUB-File weg. Im Log ist folgende Fehlermeldung zu sehen:
Can not open disk. VMDK file or one of the snapshot disks it depends on.
Dieses kann jedoch einfach wieder neu erzeugt werden. Wie das geht beschreibt VMware in den KB Artikeln 1004232 und 1002511.